Las cobayas se alimentan al amanecer y al atardecer. Son herbírvoros estrictos, por lo que su alimentación tiene que estar basada en comer heno, ya que este alimento favorece el correcto desgaste de sus dientes y un buen transito intestinal. Deben de disponer de abundate agua y heno durante todo el día, y tener una pequeña cantidad de pienso para roedores. Las cobayas pueden sufrir hipovitaminosis C, ya que carecen de la enzima capaz de transformar la glucosa en vitamina C, lo que produce problemas en su sistema inmune. Para evitar este problema, se deben de dar todos los días unas tiras de pimiento rojo o verde que son los que mas concentración de esta vitamina contienen.
Se pueden dar otro tipo de alimentos a las cobayas, pero siempre en pequeña cantidad para que la base de su alimentación sea el heno. Cuando llegan a casa, es recomendable no administrar otros alimentos diferentes a los mencionados en el párrafo de arriba, ya que algunos alimentos (como la lechuga) tienen mucha agua y les puede originar diarreas cuando son pequeños. Nunca se debe de dar apio, puerro, perejil, cebolla o ajo. La orina de las cobayas cambia de color con la alimentación y puede tener desde coloraciones blanquecinas a rojizas. cobaya
La jaula debe de estar colocada en la casa en un lugar sin corrientes de aire para evitar los resfriados y en un sitio que no alcance altas temperaturas en verano, ya que en caso contrario puede darle un golpe de calor. Lo ideal es que la base que utilicemos en la jaula sea cilindros de madera o de papel. El serrín no está indicado ya que levanta polvillo, y este puede producir picor en los ojos o taponamiento de la nariz.
Cuando traemos la cobaya a casa, tenemos que tener en cuenta que se enfrentan a un ambiente completamente diferente al que han tenido hasta ahora, por lo que durante las primeras semanas se tienen que adaptar a este. Tenemos que dejar que se escondan en la jaula los primeros días, y podremos ir sacandolas de ella unos días después, siempre supervisadas. Inicialmente las sacaremos poco rato y les iremos ofreciendo comida para que se acostrumbren a nosotros.
Debemos de desparasitarlas cuando llegan a casa para evitar problemas parasitarios. Las cobayas pueden empezar a criar a los tres meses de edad, por lo que es aconsejable esterilizarlas antes si no se desea tener crias y para evitar infeciones de útero y tumores relacionados con el aparato reproductor. Lo ideal es revisar a las cobayas una vez al año para comprobar que el estado de salud de la cobaya es el correcto.